健康診断は、①雇入れ時の健康診断、②定期健康診断、③特殊健康診断に分けられます。
①の雇入れ時の健康診断については、通達等はありませんが実際に働く前に行われるのが普通ですので賃金が発生しないと解して問題はありません。
②の定期健康診断は１年以内に１回行わなければならないもので、通達で「健康診断の受診に要した時間についての賃金の支払いについては、労働者一般に対して行われる、いわゆる一般健康診断は、一般的な健康の確保をはかることを目的として事業者にその実施義務を課したものであり、業務遂行との関連において行われたものでないので、その受診のために要した時間については、当然には事業者の負担すべきものではなく労使協議して定めるべきものであるが、労働者の健康の確保は、事業の円滑な運営の不可欠な条件であることを考えると、その受診に要した時間の賃金を事業者が支払うことが望ましいこと。」（昭和47年９月18日 基発602号）として労働時間ではないが、払ってあげたほうがいいのではないかと判断しています。支払うことが就業規則等に明文化されている場合は支払い義務は当然生じます。明文化されておらず、払ったり払わなかったりするとトラブルの原因になりますのではっきり決めたほうがいいでしょう。
③の特殊健康診断は放射線業務や有機溶剤を使用する業務など特定の有害業務を行う労働者に対し、原則として６ヶ月に1回（四アルキル鉛等業務は３ヶ月に１回）行わなければならないものです。通達で「特定の有害な業務に従事する労働者について行われる健康診断、いわゆる特殊健康診断は、事業の遂行にからんで当然実施されなければならない性格のものであり、それは所定労働時間内に行われるのを原則とすること。また、特殊健康診断に要する時間は労働時間と解されるので、当該健康診断が時間外に行われた場合には、当然割増賃金を支払わなければならないものであること。」（昭和47年９月18日 基発602号）として、業務の遂行に直接かかわるものなので労働時間と解しています。
なお、健康診断にかかる費用は全額事業主負担です。