当社では、パート勤務の者もシフト制を導入して勤務してもらっていますが、変形労働時間制のため1日の労働時間が８時間の日もあれば４時間の日もありと労働時間が毎日一定ではありません。
パートの一人が、４時間勤務の日に有給休暇を取得したいとの申し入れがあり休んでもらい給料日に４時間分の給料を支払いました。他のパートから４時間勤務の日も８時間勤務の日も同じ１労働日とするのは不公平ではないかと言われましたが、当社のやり方で問題はないのでしょうか？
８時間の日と４時間の日が同じ１労働日と数えるのは不公平のように見えますが、その日の労働を休むのにはかわりがありません。御社のやり方で法的に問題はありません。
余談ですが、賃金の払い方には①その日の労働をしたものとみなす、②平均賃金の１日分を支給、③健康保険法の標準報酬日額を支給の３通りが認められています。ただし、③の方法の場合はあらかじめ労使協定を結ぶ必要があります。また、就業規則にも定めておく必要があります。パートタイマーの場合、時給制を取ることがほとんどですので①の方法を就業規則に明記し、その日の時間分の給料を支払う必要があります。②の方法を行う場合、パートタイマー全員が1日の労働時間が固定しているのであれば可能ですが、シフト制などで1日の労働時間がその日ごと異なる場合は、平均賃金1日分を支払わなくてはならないので、事業主が多く負担することになります。例として、1日の労働時間が８時間の日と４時間の日がある場合で、４時間の日に有給休暇を取得しても平均の１日分を支払わなくてはなりません（平均賃金の１日分の２分の１とはならない）。